Como muchos creen debido a la serie El Siglo Magnífico, se piensa que Selim ejecutó a su hermano Bayaceto junto a sus hijos cuando tenía la posibilidad de llevarlos con vida ante el sultán. Sin embargo, en la historia real sucede algo completamente distinto.
El príncipe Bayezid contaba con fuertes partidarios, como Rüstem Pasha, Hürrem Sultan y Mihrimah Sultan, pero los estadistas y los soldados no apoyaban al obstinado príncipe. Selim, en cambio, inquieto por esta situación, logró obtener el apoyo de Sokollu Mehmed Pasha —quien ascendía cada vez más en el poder— y otros estadistas menos influyentes también se unieron a él. En el año 1556, Bayezid perdió otro respaldo influyente: Rüstem Pasha trasladó a Lala Mustafa, antiguo maestro de Bayezid, a la provincia de Selim con fines de espionaje. Tras un período de duelo por el fallecimiento de Hürrem, Bayezid reclutó un ejército para derrotar y dar muerte a Selim y al hijo de este, Murad. Fue entonces cuando Solimán nombró públicamente a Selim su heredero y le brindó todo su apoyo para vencer a Bayezid. Por primera vez en su vida, Selim sintió que tenía una posibilidad real de acceder al trono. Este sentimiento era a la vez estimulante y abrumador. Lo enaltecía, pues significaba no solo su propia supervivencia, sino también la de su hijo; pero para lograrlo, se vio obligado a quitarle la vida a su propio hermano.
Selim, su hijo Murad y Sokollu Mehmed se enfrentaron a Bayezid en la llanura de Konya, en mayo de 1559. La batalla duró dos días; finalmente, Selim salió victorioso, aunque Bayezid logró escapar del campo de batalla, por lo que la situación no se calmó. Acompañado por Sokollu Mehmed, el príncipe Murad y otros beylerbeys, Selim persiguió a Bayezid, pero este, junto con sus hijos, cruzó la frontera y huyó a Irán. Este período fue muy difícil para todos, pues si el sah iraní hubiera decidido proporcionar un ejército a Bayezid, habría supuesto un grave problema para el Imperio Otomano. Sin embargo, al final, el sah Tahmasp no deseaba la guerra, sino que buscaba una solución pacífica, pues era lo mejor para su país. Por ello, inició negociaciones con el sultán sobre el príncipe Bayezid. Es evidente que Bayaceto se convirtió en un rebelde al intentar matar a su hermano Selim y, al huir al imperio más enemigo de su padre, escribió su propio destino con la muerte.
Las negociaciones con el sah Tahmasp se prolongaron durante mucho tiempo. En julio de 1561, Solimán ya había ofrecido 900.000 ducados; Selim añadió 300.000 más y prometió el castillo de Kars, para que Bayezid fuera entregado a los hombres de Selim, que se encontraban cerca. Sin embargo, Tahmasp anhelaba una cooperación a largo plazo, por lo que en marzo de 1562 envió a sus embajadores al príncipe Selim con su propuesta. El objetivo de Tahmasp era complementar las promesas hechas hasta entonces con un acuerdo que garantizara que, cuando Selim ascendiera al trono, la relación entre ambos imperios se mantuviera pacífica. Selim aceptó la oferta de Tahmasp, quien a cambio entregó a Bayezid y a sus hijos. De vuelta en territorio imperial, Bayezid y sus hijos fueron ejecutados por los hombres del sultán y de Selim.
Al llegar a Qazvin el 23 de octubre, Bayezid fue recibido con una fastuosa ceremonia por el sah Tahmasp, quien incluso lo colmó de joyas. A petición de Bayezid, el sah Tahmasp suplicó a Solimán el Magnífico que lo perdonara. El propio Solimán consideró perdonar el crimen de su hijo, pero desistió debido a la postura de Selim y Tahmasp. Selim prefería la eliminación de su hermano. Tahmasp, buscando sacar provecho de este conflicto, primero dispersó las tropas de Bayezid con el pretexto de un complot de asesinato y, el 16 de abril de 1560, lo encarceló junto a sus hijos.
Posteriormente, se inició la correspondencia y las negociaciones entre Solimán el Magnífico, Selim y Tahmasp respecto a la entrega de Bayezid. Finalmente, el sultán se vio obligado a aceptar algunas de las demandas del sah. Según este acuerdo, Tahmasp recibiría 1.200.000 monedas de oro y la fortaleza de Kars sería cedida a Persia. Además, Selim, al convertirse en sultán, firmó un tratado en el que se comprometía a mantener relaciones amistosas con Persia. Una vez alcanzado el acuerdo, los enviados otomanos, encargados de recibir a Bayezid y sus hijos, llegaron a Qazvin el 16 de julio de 1562. Bayezid fue entregado al sargento mayor de Selim, Ali Agha, el jueves 23 de julio, y fue estrangulado inmediatamente con una soga al cuello. Sus cuatro hijos corrieron la misma suerte. Posteriormente, los restos de estos cinco príncipes otomanos fueron trasladados a Sivas y enterrados fuera de las murallas de la ciudad. Esta tumba, posteriormente conocida como la tumba de Malik-i Acem, no ha llegado hasta nuestros días. Mientras tanto, el quinto hijo de Bayezid, un niño de tres años que residía en Bursa, también fue asesinado. Tras la ejecución de Bayezid, Tahmasp recibió 500.000 florines —menos de lo prometido— junto con algunos valiosos regalos.
Selim vivió con un profundo temor constante ante su hermano Bayezid, ya que sabía que este contaba con importantes apoyos y que su obstinación lo llevaba a actuar sin miramientos. Cuando Bayezid reclutó un ejército con la intención manifiesta de acabar con su vida y la de su propio hijo Murad, el miedo de Selim se transformó en una certeza: no se trataba solo de perder el trono, sino de no sobrevivir. Incluso después de vencerlo en la batalla de Konya, su inquietud no desapareció: al huir Bayezid al Imperio Persa, se abrió ante él el peor escenario posible, pues existía el riesgo real de que el sah Tahmasp le diera tropas para regresar y atacar, poniendo en peligro tanto su vida como la estabilidad de todo el Imperio. Por eso, cuando incluso su propio padre Solimán llegó a considerar perdonar a Bayezid, Selim se opuso firmemente: sabía que mientras su hermano siguiera vivo, él y su descendencia nunca estarían a salvo.
Selim tuvo una participación decisiva y asumió toda la responsabilidad en el proceso, aunque no fue su intención personal matar a su hermano, sino respaldar con firmeza la decisión de su padre de ejecutar al hijo rebelde: no quería en absoluto que un príncipe que se había vuelto traidor pudiera llegar a asumir el trono. Se opuso con firmeza a cualquier posibilidad de perdón y, aunque el propio Solimán llegó a considerar indultar a Bayezid, la postura inflexible de Selim fue uno de los motivos principales por los que el sultán mantuvo su determinación. En las negociaciones con el sah Tahmasp, aportó recursos propios para cerrar el acuerdo: sumó 300.000 ducados a la oferta que ya había presentado su padre y prometió la entrega del castillo de Kars. Además, aceptó compromisos a largo plazo, comprometiéndose formalmente a mantener relaciones pacíficas con Persia cuando ascendiera al trono, para convencer al monarca persa de que entregara a los refugiados. Una vez alcanzado el trato, envió a su hombre de confianza, el sargento mayor Ali Agha, para recibir a Bayezid y llevar a cabo la ejecución que su padre había dispuesto.
En definitiva, no se puede decir que Selim fuera el único culpable ni que actuara por mera crueldad o deseo de matar a su hermano. Bayezid mismo se condenó al rebelarse, intentar matar a su familia y refugiarse en el país enemigo. Selim solo apoyó con firmeza la decisión de su padre, actuó para evitar que un príncipe traidor pusiera en peligro al Imperio y aseguró el cumplimiento de la sentencia dictada por el sultán. La responsabilidad final recae en el propio Bayezid, que eligió ese camino, y en la autoridad de Solimán; Selim fue parte necesaria del proceso, pero no el verdadero causante de su destino.
